Ensinnäkin yksi 3D-tulostuksen suurimmista haitoista on hinta. Alkuinvestointi 3D-tulostustekniikkaan voi olla melko suuri, etenkin huippuluokan tulostimissa. Lisäksi 3D-tulostuksessa käytettyjen materiaalien kustannukset voivat olla myös kalliita. Kotikäyttäjille tämä voi tehdä 3D-tulostuksesta halvemman harrastuksen.
Toinen suuri haittapuoli on 3D-tulostuksen nopeus. Perinteisiin valmistusmenetelmiin verrattuna 3D-tulostus voi olla hidas prosessi. Tämä pätee erityisesti suurempiin ja monimutkaisempiin malleihin. Tämä hidas tulostusnopeus voi johtaa pitempiin läpimenoaikoihin ja viivästyneisiin tuotantoaikatauluihin.
Kolmas 3D-tulostuksen haittapuoli on käytettävien materiaalien rajallinen valikoima. Vaikka 3D-tulostuksessa käytettävien materiaalien tyypeissä on edistytty merkittävästi, saatavilla olevien materiaalien valikoima on edelleen paljon rajallisempi kuin perinteiset valmistusmenetelmät. Tietyissä sovelluksissa, kuten tuotteissa, jotka vaativat suurta lujuutta tai lämmönkestävyyttä, 3D-tulostus ei ehkä ole paras vaihtoehto.
Yhteenvetona voidaan todeta, että vaikka 3D-tulostuksella on monia etuja, se ei ole vailla haittoja. Kustannukset, nopeus, rajoitettu materiaalivalikoima ja mahdolliset terveysriskit ovat kaikki tekijöitä, jotka on otettava huomioon valittaessa 3D-tulostusta tuotantomenetelmäksi. Yritysten ja yksityishenkilöiden on punnittava 3D-tulostuksen edut ja haitat määrittääkseen, onko se heidän tarpeisiinsa paras vaihtoehto.